Las enfermedades más frecuentes son el cáncer vesical y los cálculos. La resección transuretral sigue siendo el método de elección en el tratamiento de los tumores malignos superficiales. En el caso de la litiasis, la extracción endoscópica o la litotricia endoscópica han cedido el paso a la litotricia extracorpórea. Sin embargo, ambos métodos son igualmente válidos según la calidad del equipamiento de los centros asistenciales.
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La inyección de sustancias en la vecindad de los meatos ureterales, del cuello vesical o de la zona esfinteriana para tratar el reflujo, la incontinencia urinaria de esfuerzos o el daño esfinteriano quirúrgico, respectivamente, son alternativas a la cirugía clásica de esas lesiones. No tienen una difusión muy importante en razón a la mayor seguridad de los procedimientos clásicos.